Pärast Vaikse ookeani jõudmist novembris 1805 asutas korpus oma talvekvartaliks Fort Clatsopi Oregoni tänapäevase Astoria lähedal. Seejärel, 23. märtsil 1806, suundusid väsinud maadeavastajad koju ja St Louisisse. Nad tõid Nez Percé indiaanlastelt oma hobused ja ületasid Bitterrooti mäed. Tänase Idaho Lolo lähedal asunud ekspeditsioon jagunes kaheks pooleks, et tagasisõidul riiki põhjalikumalt uurida; rühmad oleksid kauem kui kuu aega lahus. Sel ajal ründasid Lewise firmat Mustjala sõdalased, kellest kaks hukkusid lahingutes, ekspeditsiooni ainus verevalamine. Vahetult pärast seda alandas poolpime eraviisiline Pierre Cruzatte Lewist põdra jaoks ja tulistas teda reide. Selleks ajaks, kui Lewis Clarkiga taasühines, oli tema jalg peaaegu paranenud. Jõudes pühasse Louisse 23. septembril 1806, märkis Clark: "Meid võttis vastu kogu küla ja nad võtsid vastu haritliku tervitusviisi." Korpuse 8000-miiline teekond oli läbi.
Sgt. John Ordway
Seersant Ordway, kes oli üks algsest korpuse liikmetest, oli aidanud korraldada ekspeditsiooni esimest talvelaagrit St Louis lähedal. Nagu teisedki seersandid, pidas Ordway ajakirja, kuid ta oli ainus, kes salvestas igapäevast sissekannet. 21. septembril 1806, kui korpus jõudis Püha Kaarli juurde (praeguses Missouris), kirjutas Ordway: "Õhtu poole arreteeriti meile Püha Kaarli lähedal kolm ringi ja telkiti linna alumises otsas. Linn kogunes pangale ja ei suutnud kuidagi uskuda, et see oli meie oma, sest nad olid kuulnud ja uskunud, et me kõik oleme surnud ja unustame puuvilla. "
Sel sügisel saatis Ordway Lewisi ning mandaanide ja osage-indiaanlaste delegatsiooni Washingtoni DC-sse, et arutada nende hõimudega USA tulevast kaubandust. Hiljem müüs ta ajakirja Lewisele ja Clarkile 300 dollari eest ning kolis Missouri territooriumile, kus ta abiellus ja hakkas New Madridi lähedal maad harima. Detsembris 1811 tabas piirkonda kolm suurt maavärinat; hukkus 500–1000 inimest. Selleks ajaks, kui viies maavärin tabas 7. veebruarit 1812, jäi vaevalt üks maja seisma ja New Madridist sai kummituslinn. Pärast seda on Ordwayst vähe teada; teadlased spekuleerivad, et tema põllumaa võidi maavärinate tagajärjel kasutuks muuta ja et ta suri vaesuses.
Kapten Meriwether Lewis
23. septembril 1806 kirjutas Lewis president Jeffersonile: "Mul on hea meel teatada teile enda turvalisest saabumisest ja pidudest. Kuulekuses teie korraldustele oleme Penitsioneerinud Põhja-Ameerika mandri Vaikse ookeani äärde., ja uurinud piisavalt riigi sisemust, et kinnitada enesekindlalt, et oleme avastanud Missouri ja Columbia jõgede laevatatavate harude kaudu kõige praktilisema marsruudi, mis on mandril olemas. "
Nii Lewist kui ka Clarki tasustati nende teenuste eest heldelt, saades mõlemad suuri maatükke ja kahekordset palka. President Jefferson nimetas 1807. aasta märtsis Lewise Ülem-Louisiana territooriumi kuberneriks; seletamatult ootas Lewis aasta enne St. Louisisse minekut, et asuda oma uutele kohustustele. Seal olles sattus ta võlgadesse, ostes maad ja valmistades ette ekspeditsiooniajakirju avaldamiseks. Jeffersoni järglaseks saanud president James Madison keeldus maksmast talle kulutusraha, mida ta taotles Mandani ja Osage'i delegatsiooni kodumaale tagastamiseks, ja sõjasekretär William Eustis arvas, et Lewis saab fondidest kasu. 1809. aasta augustis kirjutas kannatanud Lewis Eustisele: "Ma ei ole kunagi saanud sentigi avaliku raha eest ... Mulle on teada antud, et minu vastu on tehtud avaldusi - kõik, ma soovin, et oleks täielik ja õiglane juurdlus." 1809. aasta lõpus lahkus Lewis St. Louis Washingtonist, et tema nimi selgeks teha. Tõsiselt depressioonis üritas Lewis kaks korda teel enesetappu. 10. oktoobril Tennessees maanteemajja saabudes lõpetas 35-aastane maadeavastaja oma elu tulistades end kahe püstoli abil.
Chickasaw Nationi India esindaja James Neelly kirjutas otsekohe Thomas Jeffersonile: "Ma pean teid tohutu valuga teavitama Tema ekstsellentsi Meriwether Lewise, Louisiana ülemkuberneri surmast, kes suri 11. koheselt hommikul. ja mul on kahju öelda, et Suicide .... [ta] ma laskusin ta sinna võimalikult korralikult maetud - kui tema sõbrad tahavad midagi tema hauale teha, käin ma nende juhendis. "
Pärast Lewise surma nõustus Madisoni administratsioon vaidlusaluste arvete lõppmakse tasumisega.
Kapten William Clark
Ehkki Clark ei saanud kaptenikomisjoni, mida Lewis oli soovitanud, anti Clarkile kaks ametikohta: miilitsa brigaadikindral ja Louisiana Ülem-Louisiana territooriumi India asjade superintendent. Aastal 1813 määrati ta Missouri territooriumi kuberneriks, seda ametit ta pidas aastani 1820. Pärast Lewise surma saadeti ekspeditsiooniajakirjad Clarkile, kes andis need üle toimetaja Nicholas Biddle'ile. Kaheköitelised ajakirjad esitati üldsusele 1814. aastal, kümme aastat pärast korpuse eepilise teekonna algust; nende avaldamine tekitas vähe ärritust.
Clarki biograaf Landon Y. Jones märgib: "30 aastat pärast ekspeditsiooni kuulus William Clark läänes juhtivaks föderaalametnikuks, kuue presidendi punktimeheks Jeffersonist Van Burenini, kes usaldas teda Ameerika huvide kaitsmisele territooriumil nii Suurbritannia kui Hispaania kibedalt vaidlustanud. " Clark kehastas oma aja vastuolusid; kuigi ta kutsus valitsust üles indiaanlasi õiglaselt kohtlema, sundisid tema sõlmitud lepingud ümber paigutama kümneid tuhandeid. Clark suri 1838. aastal 68-aastaselt oma esmasündinud poja Meriwether Lewis Clarki Püha Louis'i kodus.
Sacagawea
Seitse aastat pärast Šoshone'iga taasühinemist ilmus Sacagawea ja tema abikaasa üles Fort Manuelisse, tänapäeva Bismarki lähedal Põhja-Dakotas asuvasse kauplusposti, kus Toussaint oli leidnud tõlgi tööd Missouri karusnahaettevõttes. Ajakirjanik Henry Brackenridge kirjutas, et Sacagawea oli haige ja ta igatses oma kodumaad uuesti külastada. Ta ei saanud kunagi võimalust. 20. detsembril 1812 kirjutas forti pealik John Luttig oma logiraamatusse, et Sacagawea "suri palavikupalavikusse, sest ta oli tubli ja parim naine fortis". Ta oleks olnud umbes 25. Ta jättis maha kaks bioloogilist last: 7-aastase Jean Baptiste ja 4-kuuse Lisette.
Järgmisel aastal esitas Luttig, kes võib-olla esindas William Clarki (kelle heaks ta oli töötanud), Peterburis asunud orbude kohtus Jean Baptiste ja Lisette eestkosteõiguse. (Selleks ajaks arvati Toussaint surnuks, kuna teda polnud kuus kuud nähtud.) Luttigi nimi oli petitsioonis lõpuks välja jäetud ja asendatud Clarki nimega, kes vähemalt tasus Baptiste hariduse eest. (Baptiste reisis hiljem Euroopasse, kuhu ta jäi kuueks aastaks. Pärast USA-sse naasmist töötas ta Jim Bridgeri ja Kit Carsoni juures lõksutajana.) Lisette'i ja Sacagawea vennapoja saatus pole teada.
Jean Baptiste
Ekspeditsiooni käigus meeldis William Clark Sacagawea beebile, temast sai eestkostja ja hiljem finantseeris ta oma haridust St Louis'i internaatkoolis.
Baptiste elust teadaolevad faktid on vähesed. 1823. aastal külastas hertsog Paul Wilhelm Friedrich Herzog (Württemberg, Saksamaa) tänapäeva Kansas Citys asuvat kaubandusposti, kus ta kohtus tollase 18-aastase mehega, kes töötas giidina ja tõlgina. Kaks rändasid Euroopasse, kuhu Baptiste jäi kuueks aastaks. Ta sünnitas lapse saksa naisega, kuid laps, poiss, suri kolme kuu pärast ja Baptiste naasis Ameerika Ühendriikidesse. Ta suundus Läände, töötades lõpuks koos Jim Bridgeri ja Kit Carsoniga trapperina.
Baptiste asus elama Californias, tegutsedes San Luis Rey missioonil alcalde ehk kohtunikuna. Aastal 1866 liitus ta kullaotsijatega, kes suundusid Montana territooriumile. Teel tekkis tal kopsupõletik ja varsti pärast seda, 61-aastaselt, suri Oregonis Idaho piiri lähedal, olles üle elanud kõik ekspeditsiooni liikmed, välja arvatud Sgt. Patrick Gass.
York
Pärast ekspeditsiooni lõppu sõitis Clark 1807. aastal St. Louisisse, et asuda Ülem-Louisiana territooriumi India peaagendiks, tuues endaga Yorki. Kahe mehe vahel tekkis lõhe: York oli tahtnud jääda Kentuckysse, oma naise lähedale, keda ta polnud peaaegu viis aastat näinud. Ta esitas ka Clarkile vabaduse - võib-olla mõeldes topeltpalgale ja 320 aakri suurusele summale, mida teised mehed ekspeditsioonil osutatud teenuste eest said. Need taotlused tabasid Clarki kui orja juurest eeldatavat tulu. Clark lubas lõpuks Yorkil naasta lühikese visiidi ajal 1808 Kentuckysse. Kuid Clark kirjutas oma vennale Jonathanile: "Kui york üritab mõnda orja ära joosta või keelduda oma orjakohustusi näitamast, siis soovin, et ta saadetaks New Orleansisse ja oleks müüdud või renditud mõne tõsisema meistri juurde, kuni ta arvab parem sellisest käitumisest. "
Mõni kuu hiljem oma vennale saadetud kirjas (nüüd Jonathan Clarki ajalehes —Temple Bodley kollektsioon Filsoni ajalooseltsis Filsoni ajaloolises ühingus) kirjutas Clark: „Ma soovisin, et temaga saaks hästi hakkama, aga kuna ta on sellise saanud ettekujutus vabadusest ja tema väljapaistvatest teenustest, et ma ei usu, et ta teenib mind taas palju; ma ei usu, et temaga oleks tema teenused olnud nii suurepärased (või mu olukord ajendaks mind teda vabastama). "
York naasis St. Louisi 1809. aasta alguses, kuid Clark pidas teda ikkagi ebasoodsalt. "Ta on siin, kuid teen mind väga vähe, " kirjutas Clark Jonathanile. "[York on] jõle ja tujukas, ma andsin talle teisel päeval tõsise raskuse ja ta on Sence'i palju parandanud."
Viimane York'i mainimine William Clarki kirjades ilmub augustis 1809; Clark oli temaga nii rahul, et otsustas ta palgata või müüa. Clarki vennapoeg John O'Fallon kirjutas 1811. aastal: "Tähtaeg, milleks [York] hr Youngi juurde palgati, lõppes, kuid ma usun, et härra Fitzhugh on palunud tal uuesti palgata ta hr Mitchelli juurde, kes elab umbes seitse miili. sellest kohast .... ma mõistan, et ta on riietunud ükskõikselt, kui üldse noor. "O'Fallon märgib veel, et Yorki naine oli kolinud koos oma peremehe ja ülejäänud tema leibkonnaga Mississippi; on ebatõenäoline, et York ja tema naine teineteist jälle nägid. Kümme aastat pärast ekspeditsiooni lõppu orjastati endiselt York, töötades Clarki perekonna vagunina.
1832. aastal küsitles kirjanik Washington Irving Clarki ja küsis Yorki saatuse kohta. Clark vastas, et oli lõpuks Yorgi vabastanud, ja ütles hämmastavalt, et tema endine ori polnud oma vabadusega rahul ning üritas Clarki juurde tagasi pöörduda - suri teel koolerasse.
Aga kas ta tegi? 1832. aastal leidis Wyomingi põhjaosas asuvas Crow külas asuvat karusnahakaupmees Zenas Leonard "neegrist mehe, kes teatas meile, et ta saabus sellele maale esimest korda koos Lewise ja Clarkiga - kellega ta naasis ka Missouri osariiki, ja naasis mõne aasta pärast uuesti hr Mackinneyga, Missouri jõe ääres tegutseva kauplejaga, ja on sellest ajast peale siia jäänud - see on umbes kümme või kaksteist aastat. "
17. jaanuaril 2001 ülendas president Clinton Yorgi postuumselt ametikohale tavalise armee austatud seersandi auastmele.
